На землі краю, що збезлюдів, наприкінці XVI – першій половині XVII століття стали стікати переселенці – українські козаки Придніпров’я, особливо Правобережжя, що рятувалися від польської шляхти. Переселенці створювали слободи й хутори, обзаводилися городами, пасіками, розводили домашню худобу. Однак часті розбійницькі набіги ногайских і кримських татар заважали мирному життю
В 1652-1654 роках кілька сотень козаків із сім’ями на чолі з осадчим Іваном Каркачем улаштувалися на місці занедбаного древнього городища в злиття рік Харків
Пагорб, що тепер називають Університетською Гіркою, добре відповідав завданням оборони від ворогів. Ріки захищали його зі сходу, півдня й заходу, а з північної сторони простирався великий лісовий масив
В 1654-1655 роках козаки, керуючись кресленням, даним їм чугуевским воєводою Григорієм Спешневим, обнесли слободу ровом і валом, на гребені якого звели частокіл із загострених угорі колод
В 1656 році цар Олексій Михайлович, зацікавлений в охороні південних границь, видав указ про установу Харківського воєводства й напрямку туди Воїна Селифонтова з “служивими людьми” для будівництва міцності.
Усередині міцності основними будовами були дерев’яна Успенська церква, зведена в 1657-1659 роках і надалі кілька разів що перебудовувалася; приказна хата, государевий двір, де розміщався воєвода, а також пороховий льох, з’їжджаючи й кілька служб. На іншій площі тісно й безладно розміщалися хати козаків і росіян служивих людей
З перетворенням Харкова в 1670 році в козацьке полкове місто його значення стало зростати. Розміщення на перетинанні торговельних шляхів, що зв’язували Росію з Кавказом і Кримом, Придніпров’я з Поволжям, благоприятствовало розвитку торгівлі й ремесел. Місту дозволили проводити регулярні ярмарки, що проходили в подножья кріпаків стін. Незабаром наше місто стало одним з найбільших центрів Російської імперії й всієї Європи