Події повісті “Знак чотирьох” розгортаються в Лондоні в 1888 р. Під час вимушеного неробства, пов’язаного з відсутністю замовлень, відомий сищик-консультант Шерлок Холмс, що проживає на Бейкер-стріт в будинку 221-6 разом зі своїм другом доктором Уотсоном, викладає йому суть свого дедуктивного методу, який він використовує при розкритті злочинів. Шерлок Холмс переконаний, що по краплі води наглядова людина здатна шляхом логічних висновків довести існування Атлантичного океану і Ніагарського водоспаду, навіть якщо ніколи раніше їх не
Будучи геніальним сищиком, Шерлок Холмс має енциклопедичними знаннями в області кримінальної хроніки і хімії, добре грає на скрипці, відмінно фехтує і боксує, розбирається в англійських законах, обізнаний у геології, анатомії, ботаніки, має неабиякий акторським талантом, але зате у сфері літератури, філософії, астрономії його знання дорівнюють нулю. У години, коли йому нічим зайнятися, його охоплює вбивча нудьга і він
Доктор Уотсон, друг і компаньйон Шерлока Холмса, колишній військовий лікар, який служив при англійській армії у війні Індії з Афганістаном і поранений у цій війні, проживає з Холмсом в одній квартирі і є літописцем усіх розкритих його другом справ.
До велику втіху Шерлока Холмса, його тимчасове неробство переривається якоїсь міс Морстен, особливої двадцяти семи років з натхненним і добрим обличчям, що свідчить про благородство і чуйності душі. Вона розповідає сищикові про дивні події, що трапилися нещодавно в її житті, і просить у нього допомоги. У дитинстві вона втратила матір.
Батько, який служив офіцером в Індії, відправив дочку в пансіон до Англії. У 1878 р., тобто десять років тому, він приїхав до Англії, про що попередньо повідомив у телеграмі. Проте, коли міс Морген прийшла в готель, вона дізналася, що її батько несподівано зник. Не повернувся він і наступного дня, не повернувся більше ніколи. Потім починаючи з 1882 р., вона раптом стала щорічно отримувати від кого-то з однієї дуже красивою і великої перлині.
А в день візиту до Холмса їй прийшов лист, в якому її просили приїхати ввечері до театру “Ліцеум”, повідомляли, що з нею обійшлися несправедливо і хтось бажає цю несправедливість виправити.
Шерлок Холмс і доктор Уотсон вирушають у вказане місце разом з нею. Перед виходом вона показує Холмсу дивну записку, знайдену в речах зниклого Морстена, на якій був зображений план якогось приміщення, з намальованими там же в ряд чотирма хрестами, дотичними один з одним перекладинами і з претензійною підписом: “знак чотирьох”. Зустрінутий ними людина везе їх у кебе в південну частину Лондона.
Там вони знайомляться з маленьким рудим людиною з блискучою лисиною на голові. Виявляється, що він – один із синів-близнюків помер шість років тому майора Шолто – Тадеуш Шолто. Його батько і батько міс Морстен колись разом служили в Індії в колоніальних військах. Там майор Шолто, таємничим чином розбагатівши, подав одинадцять років тому у відставку і повернувся до Англії з багатою колекцією східних рідкостей і цілим штатом тубільних слуг.
Таємницю придбання скарбів і те, де вони зберігалися, майор не відкривав нікому до самої своєї смерті, Відчувши її наближення, він покликав до себе синів і розповів їм, як помер капітан Морстен. Виявилося, що, приїхавши десять років тому в Лондон, він прийшов до Шолто і в них виник спір з приводу поділу скарбів, про які Морстен знав і половина яких йому належала.
У нього, страждав хворим серцем, стався напад. Після чого він упав і, вдарившись головою об кут скриньки з скарбом, помер. Боячись,. Що його звинуватять у вбивстві, Шолто приховав тіло капітана і нічого не сказав його дочки, коли кілька днів по тому, розшукуючи зниклого батька, вона прийшла до нього додому. Перед смертю він хотів відкрити синам також і те, де захований сам скриньку, проте зробити це йому завадило страшне обличчя за вікном.
Він помер, забравши таємницю з собою в могилу. Його сини, вдячності до міс Морстен і бажаючи позбавити її хоча б від потреби, стали посилати їй щорічно по одній перлині з перлових чоток, свого часу вийнятих їхнім батьком зі скриньки. До пори до часу Тадеуш Шолто і його брат Бартоломью навіть не здогадувалися, де заховані самі багатства. Проте напередодні, після багаторічних безуспішних пошуків, Бартоломью виявив їх на горищі свого будинку, в потаємному замурованому приміщенні. Він повідомив про це Тадеушу.
Той, незважаючи на заперечення брата, успадкував від батька його скупість, вирішив поділитися скарбами з міс Морстен. Усі четверо їдуть до Бартоломью. Проте виявляють, що він убитий пущеної йому в шию отруєної колючкою, що скарби викрадені і що на місці злочину на клаптик паперу зі “знаком чотирьох”.
Дрібні деталі змушують Шерлока Холмса припустити, що злочинцями є дві людини – побіжний каторжник на ім’я Джонатан Смолл, у якого дерев’яний протез замість правої ноги, і Номер перший, дикун з Андаманських островів, маленький, дуже злобний і моторний. Після того як він допоміг Смолл разом з скринькою спуститися з вікна по мотузці, він закрив віконниці зсередини і вибрався через горище. При втечі він забруднив ногу в креозот, і Холмс за допомогою собаки-шукачі Тобі дійшов по його слідах до річки. Там він дізнався, що злочинці сіли на найнятий катер “Аврора”. Коли план Холмса вистежити катер з допомогою найнятої їм ватаги хлопчаків зривається, він сам, переодягнувшись старим матросом, відправляється на пошуки “Аврори” і намагається розшукати її в доках.
Це йому вдається.
Він викликає на допомогу інспектора Скотленд-Ярду Етелні Джонса, що розслідує це вбивство, і вони разом з доктором Уотсоном пускаються в погоню на поліцейському катері і наздоганяють злочинців з скринькою. При гонитві дикуна доводиться вбити, бо він починає стріляти в переслідувачів своїми отруйними колючками. Доктор Уотсон відвозить скриньку до міс Морстен, проте врешті-решт виявляється, що він порожній, чому доктор надзвичайно радий, оскільки перешкода, що виникла, на його думку, між ним і молодою жінкою з-за її передбачуваного багатства, зникає. Тепер він може вільно зізнатися їй у коханні і запропонувати свою руку і серце. Міс Морстен знаходить його пропозиція вельми привабливим.
Смолл, зрозумівши, що його неминуче наздоженуть, викинув коштовності до Темзи, бо не хотів допустити, щоб вони дісталися комусь іншому. Смерть Бартоломью Шолто не входила в його плани, і вбив його не він, а злобний дикун без відома Смолла. Щоб переконати в цьому Шерлока Холмса і Етенлі Джонса, він розповідає їм історію свого життя.
У молодості він завербувався солдатом в полк, що йшов до Індії. Однак незабаром зі службою йому довелося розлучитися: коли він купався у Танге, крокодил відкусив йому ногу вище коліна, і він став безпорадним калікою. Потім, коли він працював наглядачем на плантації, в країні раптом почався бунт. Смолл поспішив до Агри і приєднався до сховався в Агрской фортеці загону англійців, Йому було доручено охороняти один з входів у фортецю і дано в розпорядження два сикха. На третю ніч сикхи схопили Смолла і поставили його перед вибором: бути з ними або замовкнути навіки.
Вони розповіли йому про свій план: у північних провінціях жив один дуже багатий раджа. Частину своїх багатств він наказав слузі Ахмету сховати в Агрской фортеці до кінця війни, щоб у разі перемоги англійців зберегти хоча б цю скриню. Сикхи і супроводжуючий Ахмета їхній спільник хотіли його вбити і заволодіти скринькою.
Смолл вирішив до них приєднатися і присягнув їм у вірності.
Свій план всі четверо привели у виконання. Вбитого Ахмета вони сховали в одному із залів старої фортеці, куди ніхто ніколи не заходив. Скринька замурували в стіні того ж залу.
Кожен з них отримав записку з планом і символізує їх вірність одне одному “знаком чотирьох”. Проте згодом їх всіх за вбивство засудили до довічного ув’язнення. Відбуваючи покарання, вони не могли скористатися своїм багатством. Тоді Смолл домовився з Шолто і Морстеном, охороняли в’язницю, що повідомить їм, де захований скриньку, вони отримають свою частку, а натомість організовують для чотирьох ув’язнених втечу. Шолто, вирушив за скринькою, всіх обдурив і повернувся до Британії один.
З тих пір Смолл став жити тільки думкою про помсту. Він біг з в’язниці за допомогою свого друга – тубільця на ім’я Тонго. В Англії він встановив контакт з одним із слуг майора Шолто і став чекати відповідного моменту.
Це саме Смолл заглянув у вікно до вмираючого майору. Дочекавшись свого часу, він викрав скарби. За смерть Бартоломью він відшмагав Тонго мотузкою.
Такою виявилася історія Джонатана Смолла.
Скарби не дісталися нікому. Доктор Уотсон отримав у дружини міс Морстен, Етелні Джонс – славу за розкритий злочин, а Холмс задовольнився ампулою з кокаїном.