У будинку Івана Петровича Шуйського, в присутності багатьох духовних осіб і деяких бояр, розв’язують розвести Федора Іоанновича з царицею, Годунової сестрою, завдяки якій, на загальну думку, і дер жітся Борис. Складають папір, де, поминаючи неплідною цариці і малоліття Димитрія, просять царя вступити в новий шлюб. Головін натякає Шуйскому на можливість поставити Димитрія замість Федора, але отримує суворий відсіч.
Княжна Мстиславська обносить гостей, п’ють здоров’я Федора. Шаховському, нареченому Мстиславської, сваха Волохова
Той, отримавши з Углича інформацію про зносинах Головіна з голими і бачачи загрозу для своєї влади, оголошує прихильникам своїм, Луп-Клешніна і князю Туреніну, про рішення примиритися з Шуйський. Приходить Федір, нарікаючи на взбрикнувшего коня. З’являється цариця Ірина, якій Федір лукаво повідомляє про красуню Мстиславській, бачені ним у церкві, і тут же запевняє царицю, що вона для нього краше всіх.
Годунов говорить про бажання
Федір оголошує про намір примирити Годунова з Шуйський і просить допомоги у митрополита Діонісія та інших духовних осіб. Діонісій дорікає Годунова в утисках церкви, поблажливість до єретиків і відновлення збору податків, від яких була звільнен на церква. Годунов вручає йому захисні грамоти і повідомляє про вжиті гоніння на єресь. Цар просить підтримки у Ірини і бояр.
Супроводжуваний народними захопленнями, приходить Іван Петрович Шуйський. Федір картає його невідвідування Думи, Шуйський відмовляє неможливістю піддакувати Годунову. Федір, поминаючи Письмо і закликаючи в свідки духовних осіб, говорить про благо примирення, і покірний йому Годунов пропонує Шуйскому согласье.
Шуйський дорікає його в небажанні ділитися управлінням дер жави, що Іоан заповідав п’ятьом боярам: Захар’їна (померлому), Мстиславському (насильно пострижений), Бєльському (засланого), Годунову і Шуйського. Годунов, виправдовуючись, говорить про пихи Шуй ського, про те, що скористався одноосібної влади на Русі користь, чого призводить і докази; він додає, що важка справа вве дення в порядок розстроєного держави немило тільки Шуйським.
І коли Іван Петрович називає прихильником своїм митрополита, той повідомляє про дії Годунова на користь церкви і схиляє Шуйського до світу. Ірина, показуючи гаптовані нею покрив для Псков ської святині, зізнається, що це її молитовний обітницю за порятунок Шуйського, обложеного колись литовцями в Пскові. Схвильований Шуйський готовий забути колишню ворожнечу, але вимагає від Годунова гаран тий безпеки своїх соратників. Годунов присягається і цілує хрест. Запрошують виборних від наведеної Шуйським натовпу. Федір заговорює із старим і не вміє його зупинити, в його пле Мянник дізнається купця Красильникова, тешівшего його недавно Медвіт жьім боєм, згадує його брата Голуба, одолевшего в кулачному бою Шаховського, – не відразу Годунову і Шуйскому вдається повернути царя до того, навіщо покликані виборні.
Шуйський оголошує про примирення но з Годуновим, купці хвилюються (“Ви нашими миритеся головами”), Шуйського дратує недовіра до людини, яка щойно кляв шемуся на хресті. Купці просять про захист від Годунова царя, але той відсилає їх до Бориса. Борис тишком велить записати імена купців.
Вночі в саду Шуйського княжна Мстиславська з Василиною Волохова чекають Шаховського. Він приходить, говорить про любов, про не терпінні, із яким чекає весілля, смішить її і жартує з нею. Прибігає Красильников, впустивши якого, Шаховськой ховається, кличе Івана Петровича і повідомляє, що всі, що були в царя, схоплені за наказом Годунова. Вражений Шуйський велить підняти Мос КВУ на Годунова.
Заїкнувшись було про Димитрія Головіна він різко обриває і, заявивши, що Борис обманом занапастив себе, йде до царя. Решта бояри між тим обговорюють чолобитну, пріісківая нову царицю. Василь Шуйський називає княжну Мстиславский. Брат її вирішується не відразу, бажаючи знайти хоч привід для сварки з Шаховським. Поки він коливається, Головін вписує ім’я княжни в че лобітную.
З’являється Шаховської, який заявляє, що наречені не віддасть. Виявляється і княжна з Волохова.
При загальному крику, взаємних погрозах і закидах Шаховської вихоплює грамоту і тікає. Годунов представляє царя державні папери, у зміст яких той не вдається, а погоджується з рішеннями Бориса. Цариця Ірина говорить про лист з Углича від вдовуючацариці з проханням повернутися з Димитрієм до Москви. Федір було доручає справу Борису, але Ірина вимагає рішення “сімейної справи” від нього; Федір сперечається з Борисом і дратується його завзятістю.
Приходить Шуйс кий, скаржиться на Годунова. Той не відмикається, пояснюючи, що купці взяті не за минуле, а за спробу розбудувати світ між ним і Шуйський. Царь готовий пробачити Годунова, вважаючи, що вони просто не по нялі один одного, але непохитне вимога того залишити царевича в Угличі нарешті сердитий царя.
Годунов каже, що поступається Шуйскому місце, Федір благає його залишитися, Шуйський, уражений пове жанням царя, відходить. Клешнин приносить переслане з Углича лист Головіна Нагим, Годунов показує його цареві, вимагаючи взяття Шуйського під варту і, може бути, страти його. У разі відмови він загрожує піти.
Приголомшений Федір після довгих коливань отка ни опиняються від послуг Годунова.
Іван Петрович Шуйський втішає княжну Мстиславській: він не допустить її шлюбу з царем та сподівається, що Шаховськой не донесе на
Них. Відіславши княжну, він приймає бояр, які втекли Красильникова і Голуба і, припускаючи зсув недоумкуватого Федора і зведення на престол Димитрія, визначає кожного завдання. Відчужений Годунов, сидячи вдома, розпитує Клешніна про Волохова і многаж ди повторює, “щоб вона царевича дотримувала”. Клешнин відправляє Волохову в Углич нової мамкою, велить його берегти і натякає, що, якщо страждає падучу царевич погубить себе сам, з неї не спитають.
Між тим Федір не може розібратися у поданих йому паперах. Приходить Клешнин і повідомляє, що Борис захворів від розладу, а Шуйського негайно треба ув’язнити за намір звести на престол Димитрія. Федір не вірить.
Входить Шуйський, кото рому Федір говорить про донос і просить його виправдатися. Князь відмовляється, цар наполягає, Клешнин подначівает. Шуйський визнається у заколоті. Федір, злякавшись, що Годунов покарає Шуйського за зраду, заявляє, що сам велів поставити царевича на престол і витісняє враженої Шуйського з кімнати. За царських покоїв вривається Шаховської і просить повернути йому наречену.
Федір, побачивши підпис Івана Петровича Шуйського, плаче і не слухає доводів Ірини про безглуздість паперу. Захищаючи від образ Ірину, він підписується ет Борисов наказ, обертаючи на жах і її, і Шаховського. На мосту через річку старий бунтує народ за Шуйського, гусляр співає про доблестях його.
Проїжджає гінець з звісткою про настання татар. Князь Туренін зі стрільцями веде Шуйського у в’язницю. Підбиваємо старим народ хоче звільнити Шуйського, але той говорить про свою провину перед “святим” царем і про те, що покарання їм заслужено.
Клешнин доповідає Годунову, що Шуйские і їх прихильники посаджені у в’язницю, і вводить Василя Івановича Шуйського. Той по вертається справа те ніби затіяв чолобитну для блага Годунова. По нимая, що Шуйський в його руках, Годунов його відпускає. Цариця Ірина приходить заступитися за Івана Петровича. Годунов, усвідомлюючи, що Шуйський не припинить йому перечити, непохитний.
На площі перед собором жебраки говорять про зміну Митрополита, неугодного Го дунову, про страту купців, що стояли за Шуйського. Цариця Ірина при водить Мстиславській просити за Шуйського. З собору виходить Федір, відслуживши панахиду за царя Івана. Княжна кидається йому в ноги.
Федір шле князя Туреніна за Шуйський. Але Туренін повідомляє, що Шуйський уночі повісився, вінітся, що недогледів (тому що відбивав натовп, наведену до в’язниці Шаховським, і відбив, лише застреливши Шаховського). Федір кидається на Туреніна, звинувачуючи його у вбивстві Шуйського, і загрожує йому стратою. Гонець приносить грамоту з Углича про загибель царевича. Вражений цар хоче сам дізнатися правди.
Приходить повідомлення про наближення хана і швидкої облозі Москви. Годунов пропонує послати Клешніна і Василя Шуйського, і Федір запевняємося в невинності Годунова. Княжна Мстиславська говорить про намір постригтися.
Федір, за порадою дружини, збирається весь тягар правління передати Борису і, поминаючи свій намір “всіх согласить, все згладити”, оплакує свою долю і свій царський борг.