У день Борисова вінчання на престол бояри обчислюють плоди його правління: і припинення мор, і завершені війни, і врожаї. Вони дивуються, як довго довелося вмовляти Годунова прийняти владу, і лише загроза відлучення від церкви його до того примусила. Борис повертається з собору, збираючись приймати послів. Воєйков повідомляє про перемогу над сибірським ханом.
Англійський посол пред лагает наречену царевичу Федору; папський нунцій – угода про со єднанні церков; австрійський, литовський, шведський, флорентійський посли шанобливо просять
Незабаром після, чекаючи в Монас тирской келії постригшись Ірини, Борис вислуховує донесення Насіння Годунова на Романових, незадоволених скасуванням Юр’єва
У палаці діти Бориса, Федір і Ксеня, слухають розповіді Хрис Тіана, датського герцога, нареченого Ксенії, – про суворе дитинстві, про повернення до двору, про битви у Фландрії з іспанськими військами, але, коли Федір ремствує на свою неробство, Християн зауважує, що його положення, що дозволяє навчатися правлінню при мудрому государі, – багато гідніше. Християн розповідає, як полюбив Ксенію за розповідями послів, купців і полонених, які прославляли поряд з величчю Росії красу, розум і лагідність царівни. Заговорюють про Бориса, і всі сходяться в любові до царя, що забувають про себе заради слави і благополуччя держави.
Всі троє клянуться допомагати один одному. Християн просить увійшов Бориса у разі війни дозволити вести російські війська, але цар відмовляє настали на довгі роки миром. Діти йдуть, а прийшов Семен Годунов оголошує слух про дивно врятувався царевича Димитрія.
У своїх поко ях цариця Марія Григорівна розпитує дяка Власьева про Християни і, як не вертиться дзигою Власьєв, довідається, що були чутки, ніби не король його батько, і старший брат, нині панує, його недолюблює. Не добившись від дяка обіцянки свідчити про те Борису, вона кличе Дементіївни і зі зростаючим роздратуванням дізнається, що Ксенія сиділа разом з братом і нареченим, а цар вітає нові звичаї. Що прийшла Волохова цариця скаржиться, що Борис посватав Ксенію за Немчина, її не спитавши, і німчин, видно, при воротил царівну.
Волохова береться поворожити, в чому сила Християна, і зруйнувати її (“Є корінець такий”). У лісі, в розбійницькому стані, отаман Бавовни приймає нові поповнення селян, хто клянеться Бориса і скасування Юр’єва дня. З’являється посадський, який без жодного страху вимагає звільнити своїх супутників, схоплених на московській дорозі розбійницьким дозорним, і повідомляє вірну новину про появу царевича Димитрія. Посадський підбиває Бавовни йти до Брянська і там, пристав до військ царевича, отримати простіше ня і воювати Годунова.
З’являється Митька, тягнучи двох втікачів ченців, Михайла Повадіна і Гришку Отреп’єва, які просяться в хлопковское воїнство. Коли посадський, потішив розбійників борь бою з Митькою і звелівши викотити бочки вина, раптом пропадає, ясовується, що йшли з ним ченці не знають, хто вона така.
Борис змушений зізнатися в тому, що поява нового ворога штовхнуло його на кривавий шлях. Семен Годунов, отряженний з’ясувати, хто ховається за ім’ям Димитрія, говорить, що і ціною тортур не дізнався нічого. Приискивать ім’я Гришки Отреп’єва, побіжного Чудовського монаха, щоб якось перейменувати ворога. Борис розпоряджається помножити шпигунів і знайти доказ на Романових і, крім того, в силу триваючого голоду роздати скарбницю народу, звелів не слухати байок про царевича.
Царевич Федір просить відправити його до військ, царівна Ксенія оплакує зміну в Борисові і його проявилася жорстокість; Християн запитує, чи впевнений Борис в смерті царевича, і переказує чутки. Діти йдуть, з’являється ца матриця, повна уїдливості і подразнення на Християна, толкующе го з дітьми про “Царенко”. Цар залишається глухим до її вимогу відіслати Христіана.
Семен Годунов повідомляє про швидке просуванням му зрадників, про перехід до них військ і про завзятому опорі Басманова. Василь Шуйський пропонує Борису відправитися самому до військ або вже послати за вдовствующей царицею, щоб свідчила про смерть сина. Наказав Шуйскому рвати язики тим, хто розпускає чутки, Борис посилає за матір’ю Димитрія.
У будинку Федора Микитовича Романова бояри Романови, Сицький, Рєпнін та Черкаський п’ють за царевича. Приходить Шуйський, повідомляє про при Казея Бориса, його розпитують про здійснене ним розшуку в Угличі, він відповідає туманне. Семен Годунов зі стрільцями, звинувативши тих, що зібралися в бажанні отрутою вапна государя, бере всіх під варту, одягнувши Василя Шуйського вести допит.
Борис, наодинці що міркували над доконаним пророкуванням (“Вбито, але живий”), що прийшов Шуйскому велить оголосити з Лобового місця, що той сам в Угличі бачив труп царевича. На Християна між тим насідають радники, тлумачать, що він повинен відмовитися від шлюбу з Ксенією, що Борис видав себе страхом, що Ксенія дочка лиходія і слуги. Хрис Тіан, відчуваючи підступають нудоту, вірячи у винність Бориса, не знає, на що зважитись. Приходить Ксенія, і він, плутаючись у словах і думках, говорить про неминучу розлуку, а потім кличе її втекти з ним від батька-вбивці. Непомітно увійшов Федір заступається за батька, вони збираються битися, Ксенія, плачучи, нагадує про дану один одному клятву.
Християн марить, і, визнавши його хворим, Ксенія із Федором ведуть його.
На Червоній площі сищики слухають розмови в народі, що йде з панахиди по царевичу Димитрію (там же проголошувалася анафема Гришке). Провокуючи, тлумачачи мови в придатному їм ключі, сищики хапають ледь чи не всіх підряд. Василь Шуйський з Лобового місця веде двозначну мова про наступаючому ворога і говорить про розшук в Угличі так, що залишається неясно, хто ж був убитий немовля.
Про цю пору привезена з монастиря мати царевича, нині черниця Марфа, чекаючи Бориса і бажаючи йому помститися, вирішує визнати самозванця сином; вона говорить, що мертвого сина не бачила, втративши почуттів, а на панахиді сльози застеляли їй очі. Ті пер, коли почув про прикмети з’явився царевича, визнає, що він чудово врятувався і живий. Цариця Марія Григорівна, бажаючи викрити обман, вводить Волохову. Горе, що охопило Марту при вигляді погубітельніци сина, видає її, але визнати смерть Димитрія всенародно вона відмовляється.
Незабаром Борису лікар повідомляє про погіршення здоров’я Християна і про своєму безсиллі. Семен Годунов приносить грамоту від “Димитрія Івановича”, в якій Бориса найбільше пригнічує обіцяна милість у разі добровільної відмови від престолу, а отже, впевненість “злодія” у загальній підтримці. Борис вимагає привести постриженою Клешніна, щоб переконатися в загибелі царевича.
Його кличуть до Християнові, і незабаром він повідомляє Ксенії і Федору про його смерть.
Двоє вартових, несучих нічний варта у престольної палаті, в страху ховаються при появі безсонного Бориса. Тому ввижається чийсь образ на престолі, і, виявивши вартових, він посилає їх про вірити, хто там сидить. Семен Годунов призводить Клешніна, який підтверджує смерть Димитрія, нагадує, що термін Борисова правління, передбачений волхвами, підходить до кінця, кличе його покаятися і піти в монастир.
Вранці, отримавши від прибулого Басманова відомості про часткову перемогу над “злодієм”, Борис каже Федору про необхідність вінчатися на престол і про присягу, до якою будуть приведені бояри. Федір відмовляється від престолу, бо не уве рен, що “злодій” не Димитрій. Борис багатозначно пропонує пред’явити Федору безперечні докази смерті царевича, і той, осягнувши батьківське злочин, в жаху відмовляється від доказів і заявляє, що прийме вінець. У їдальні палаті, чекаючи Басманова і царя, бояри клянуть обох і обмінюються вістями про “царевича”. Входить Басманов, нарікаючи на недоречне своє відлучення із військ.
Появ ляется Борис із дітьми. Борис нагороджує Басманова. Бояри, зазначивши смуток Ксенії, жаліють її і розмірковують, що з нею робити, “коли на царство той завітає”. Борис вимагає клятви вірності Федору та затвердження цієї присяги в соборі, втрачає сили і падає.
При загальному сум’ятті він заявляє, що причиною його смерті не отрута, а скорбота, заповідає боярам дотримуватися клятву, нагадує, що “від зла лише зло народиться”, і, оголосивши Федора царем, відходить.